Si sur le HDD esclave il y a des exécutables, bien entendu qu'ils peuvent être infectés. Ce n'est pas l'endroit mais le type de fichier (des exécutable win32 pour l'exemple le plus concret) qui importe dans une infection.
Par contre, le fait qu'ils soient simplement stockés peut te laisser le temps de les désinfecter après coup avec un système sain. Ce n'est pas comme si c'était des programmes qui risquaient d'être exécutés avec un démarrage Windows.
Donc soit tu dégages tout (formatage effectivement, méthode "windowsienne" par excellence), soit tu réinstalles un système sain et tu désinfectes rapidement, efficacement et consciensieusement ton disque esclave avant de l'utiliser.