Essaie en supprimant le commutateur user et en ajoutant flathub :
sudo flatpak uninstall flathub org.libreoffice.LibreOffice
Si tu n'y arrives pas non plus, essaie sans rien :
sudo flatpak uninstall org.libreoffice.LibreOffice
NB : Ne supprime pas flatpak avant d'avoir désinstallé libreoffice.