Si tu formates une partition système, ça dégage toutes les références au système et aux programmes qui sont installé sur ton système...
En clair, tu dégages la base de registre, les DLL un peu de partout, les fichiers dans les répertoires systèmes communs, etc...
Donc tu seras forcé de réinstaller tous tes programmes.... Mais ce n'est pas un mal, ça fait qqchose de propre.
Pour certains, si tu as des paramétrages précis, tu peux feinter... les jeux par exemple :
Admettons : D:DOOM qu'il faut réinstaller. Tu renomme D:DOOM en D:DOOMOLD, tu réinstalle un doom propre sur D:DOOM (ce qui donne une base de registre nickel et un jeu vierge) puis tu écrases D:DOOM avec D:DOOMOLD.
Edit :
PS : il ne faut pas hésiter... mieux vaut perdre une bonne journée d'installation pour une année tranquille, plutôt que de bidouiller et rafistoler des programmes déjà installer pour gagner du temps