Dans les fait rien tu insères les deux cartes sur les slots 2 x PCIe 3.0/2.0 x16 sachant que en SLI c'est pas deux x16 mais x8 et normalement sur ta carte ils sont identifiés par la couleur grise.
Te trompe pas avec les autres slots 1 x PCIe 3.0/2.0 x16 en noir et les 3 x PCIe 3.0/2.0 x1 en noir aussi
Mon problème vient je pense du fait qu'une carte est en pci-e 3.0 8x et l'autre en 2x, mais je ne sais pas ou modifier ça
Tu n'as rien à configurer puisque tu as deux gtx 1080 qui sont forcément en compatible en PCIe 3.0/2.0
x16 et du coup en SLI PCIe 3.0/2.0
x8