Il est possible que certains softs qui gèrent une sortie son fasse cette initialisation d'eux-même. Peut-être aussi les programmes d'initialisation qui sont lancés pour gérer ta carte son (ou soft de tuner TV, d'édition de fichiers audio).
Ch'ui pas certain qu'il y ait une solution, à moins de repérer le programme fautif et d'éviter de l'utiliser.
Par contre, pour aller plus vite pour sélectionner l'entrée micro, si tu as un programme du style "mixer" livré avec ta carte son, tu peux paramétrer une combinaison de touche (ALT+CTRL+S par exemple) pour qu'il te l'affiche rapidement. Ca t'éviteras 4 ou 5 clics de souris dans les propriétés audio.
Une autre suggestion (j'ai jamais testé ça) : brancher ton micro sur l'entrée ligne de ta carte son
Comme ça plus de problèmes (à condition que le son soit assez fort et que les programmes qui utilisent ton micro puissent sélectionner l'entrée ligne à la place) ...