Grep (peut-être) mais surtout SED et/ou AWK... mon préféré étant SED.
Tu trouves ton bonheur ici =>
http://gnuwin32.sourceforge.net/Si tu veux un peu plus d'aide, détaille ta demande avec un exemple de fichier.
Perso, j'adore ça utiliser SED et GREP avec des pipes enchainés ( | ) et des lignes super longues et incompréhensibles genre
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sed -e "s/^D\(.\{115\}\)\(.*\)/D\1/g" fichier-entree.txt > fichier-sortie.txt
ou encore
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type script_sisteron.txt | sed -e "s/\(^le_dossier\ \)\([0-9]*\)\(.*\)/echo \"\2\" \&\& \1\2\*\.\*\3\*\.\*/g" | sed -e "s/le_dossier/ren/g" | sed -e "s/devient//g" > new_sisteron.txt